Le château-fort de Joux est une forteresse imposante mais en 1034 ce n’était qu’un fortin de bois qui contrôlait le passage de la cluse qu’il surplombe. Plus tard, les Sires de Joux qui exploitent les terres, les forêts des alentours et qui perçoivent les droits de passage des gens et des marchandises décident de construire en pierres ce château sentinelle, la partie centrale dite d’habitation.
Au 12ème siècle, le Château de Joux compte un donjon, 2 tours rondes et de hautes murailles formant 2 enceintes.
Au 15ème siècle, le Château est vendu au Duc de Bourgogne et devient une acquisition stratégique puisqu’il relie différentes régions. Il y installe une garnison pour asseoir sa domination sur les routes commerciales de la laine et du sel. Le château s’étend sur une enceinte supplémentaires et l’on construit la tour dite du Fer à Cheval afin de protéger l’entrée.
Du 16ème au 17ème, le Château très convoité passe entre les mains des rois de France, de la couronne d’Espagne héritière des possessions de la Bourgogne. Le château abîmé est restauré fin du 17ème siècle. Une 4ème enceinte bastionnée dite » bas-fort » est ajoutée.
En 1678 Louis XIV étend définitivement les frontières du Royaume de France à la Franche-Comté. Le château est transformé par son ingénieur militaire Vauban pour stopper une armée ennemie venue par la Suisse. Vauban s’appuie sur le rocher et réadapte la fortification au terrain pour définir 5 enceintes fortifiées qui permettent de combiner l’action de l’infanterie et celle de l’artillerie. La forteresse est aménagée pour la vie de garnison de 600 soldats. Un puits (de 157m) est creusé pour l’approvisionnement en eau. Une porte d’honneur rappelle à tous que le Château est placé sous la gloire du roi Louis XIV.
Au XVIIIème siècle, le château devient une prison.
Né esclave en 1743 à Saint Domingue et après avoir été affranchi, Toussaint Louverture, chef des noirs insurgés devient gouverneur de son île et adopte une constitution qui accorde l’autonomie de ce territoire. En 1802 Bonaparte (Premier Consul) envoie une troupe de 25 000 hommes pour contrer le pouvoir de cet homme devenu un symbole fort pour ce qui est Haïti maintenant mais l’expédition s’enlise. Toussaint Louverture invite le Premier Consul Napoléon Bonaparte à signer une armistice mais ce dernier le fait arrêter, transporter à Brest puis au fort de Joux où il sera soumis à un régime carcéral très dur. Affaibli, puis très malade, on le laisse dépérir dans son cachot. Il meurt le 7 avril 1803.
L’indépendance de Saint-Domingue est proclamée le 1 janvier 1804. Encore aujourd’hui, les Haïtiens qui voyagent en France se rendent au Château de Joux pour se recueillir sur la tombe de ce » leader » qui est à l’origine de la première abolition de l’esclavage et le précurseur de l’indépendance de Haïti.